ماسوله با تمام حساسیتهای یک شهر بسیار با ارزش و میراثی که در دل طبیعت دارد، با انواع مشکلات محیطی مواجه بوده و به شدت در معرض تخریب قرار دارد و این آسیب پذیری نیز بر همگان آشکار بوده و پنهان کردنی نیست.
در مهرماه سال 1380 دفتر پروژه بزرگ شهر تاریخی ماسوله به مدیریت دکتر "نیکروز مبرهن شفیعی" تاسیس و مدتی بعد به پایگاه میراث فرهنگی و گردشگری شهر تاریخی ماسوله تبدیل شد.
متاسفانه طی چند سال اخیر ساخت وسازهای غیرمجاز در حریم ماسوله روبه گسترش است و با تمام کوشش های انجام گرفته این روند همچنان ادامه دارد.
با تمام این اوصاف در چرخ زدن و گردشی چند ساعته حتی نه چند روزه، کم توجهی در سالمتر و جذابتر ماندن این شهر کاملا مشهود است،تصاویری از ساختمانهای تخریب شده و ساختمانهای از نو ساخته شده این شهر، تصویر اسکلت ها و فونداسیون های بتنی برای ساختمان های تاریخی و سنتی که قرار است خشتی و گلی باشند، تاسف هر بیننده ای را برمی انگیزد.
یک کارشناس ارشد میراث فرهنگی گفت:تخریب یا نابودی میراث فرهنگی و طبیعی ضایعه ای جبران ناپذیر است و با توجه به ابعاد و میزان خطرات جدیدی که میراث فرهنگی را تهدید می کند، حفظ و احیای آن و معرفی به نسل های بعد امری اجتناب ناپذیر است.
سه رودخانه در مناطق "دولی چال" و "خلیل دشت" در مناطق بالادستی ماسوله قرار گرفته اند که به هم می پیوندند و از درون ماسوله عبور می کنند، هنگامی که سیل در ماسوله جاری می شود، خانه ها و مناطق تاریخی ماسوله چندان در معرض آسیب قرار ندارند، اما خیابان اصلی شهر ماسوله را آب می گیرد و برای گردشگران مشکلات بسیاری پیش می آید. شهرک تاریخی و شهر جدید ماسوله تنها در خطر سیل قرار ندارد، در این منطقه خانه ها با مصالحی ساخته شده است که بر اثر گذشت زمان بسیار آسیب پذیرند. در حفظ بافت های تاریخی ماسوله ، نیروی انسانی نقش بسیار مهمی دارد، اگر این شهر تاریخی خالی از سکنه باشد در یکی دو سال از بین خواهد رفت.